La incorporación del Fondo de Cohesión (FC) al proceso de programación de los Fondos Estructurales ha permitido integrar el diseño de las actuaciones del FC dentro de una lógica estratégica, en cuya concepción han participado los distintos organismos de la Administración General del Estado con competencias en las futuras actuaciones, así como las Comunidades Autónomas.
El Programa Operativo del Fondo de Cohesión - FEDER para el período 2007-2013, responde a los diagnósticos sectoriales de transportes y medio ambiente, a través de una estrategia derivada del Plan Estratégico de Infraestructuras y Transporte (PEIT) y del Plan AGUA, que se complementa con actuaciones concretas en materia de medio ambiente centradas en el ámbito de los residuos y la prevención de riesgos naturales.