El Fondo de Cohesión tiene, en este período, una mayor integración en la ejecución de todas las políticas y acciones de los Fondos Estructurales, dejando atrás el enfoque por proyecto a favor de una financiación por programa, simplificando la gestión. Los recursos del Fondo de Cohesión se distribuyen en tres ejes: Eje 1-Transportes RTE-T. Eje 2- Medio ambiente y desarrollo sostenible y Eje 5- Asistencia Técnica.
La elección de los proyectos que se van a cofinanciar en el marco del programa nacional, respetando los objetivos sectoriales del Fondo, corresponde al Estado miembro. Esta medida reduce considerablemente el número de proyectos que requieran la aprobación de la Comisión. Únicamente en el caso de proyectos de gran envergadura, se solicita el acuerdo de la Comisión.