El Programa de Cooperació Transfronterera de l'Instrument Europeu de Veïnatge té com a objectiu articular els recursos del Fons Europeu de Desenvolupament Regional (FEDER) en un instrument transitori amb el format d'un Programa Operatiu de Cooperació Transfronterera específic, en el marc de l'Objectiu 3 del FEDER, per al desenvolupament de projectes de cooperació transfronterera entre Espanya i el Marroc.
Aquesta configuració permet fer servir els recursos del FEDER en el territori comunitari i, d’acord amb l’aplicació de l’article 21.3 del Reglament (CE) núm. 1080/2006, executar fins a un 10% d’aquesta assignació en una despesa escollida generada directament en el territori de països que no pertanyen a la Unió Europea.
Aquesta situació, tot i que al principi era transitòria mentre s’esperava la implantació definitiva de l’instrument europeu de veïnatge i associació, actualment és definitiva perquè no s’ha pogut presentar un programa conjunt durant aquest període.
Aquest programa té dues àrees de cooperació: l’Estret (a l’entorn de la Comunitat Autònoma d’Andalusia i les ciutats autònomes de Ceuta i Melilla) i l’Atlàntic (juntament amb la Comunitat Autònoma de les Canàries). Aquestes zones suposen les prioritats del programa.