Le Fonds de cohésion présente, pour cette période, une plus grande intégration de l’exécution de toutes les politiques et actions des fonds structurels, le ciblage par projet laissant place à celui d’un financement par programme, ce qui simplifie la gestion. Les ressources du Fonds de cohésion sont réparties sur trois axes : Axe 1-Transports RTE-T. Axe 2- Environnement et développement durable et Axe 5- Assistance technique.
L'élection des projets qui seront cofinancés dans le cadre du programme national, en respectant les objectifs sectoriels du Fonds, correspond à l'État membre. Cette mesure réduit considérablement le nombre de projets qui requièrent l'approbation de la Commission. On ne sollicitera l’accord de la commission que dans le cas de projets de grande envergure.