Els programes operatius són els documents de programació aprovats per la Comissió Europea per desenvolupar i concretar una estratègia de desenvolupament a cofinançar amb els Fons Europeus, integrats per un conjunt coherent d'eixos prioritaris compostos per mesures plurianuals. Un Programa Operatiu regional és un Programa Operatiu a aplicar en una regió determinada, el finançament de la qual és a càrrec d'un únic Fons, amb l'excepció ja contemplada. Hi ha també programes operatius pluriregionals o sectorials referits al conjunt de totes les regions espanyoles o a totes les Convergència, Phasing-out i Phasing-in.