La Comissió va establir tres principis en la preparació i gestió del Fons de Cohesió modificat a partir dels Reglaments (CE) núm. 1264/99 i (CE) núm. 1265/99, de juny de 1999, i que van entrar en vigor l'1 de gener de 2000: Un enfocament més estratègic; Més racionalització pel que fa a la mida dels projectes i els seus grups; Més coordinació amb els altres instruments comunitaris, en particular amb el FEDER.