Els Estats membres elaboren els Programes Operatius del FEDER regionals i plurirregionales.
Els Programes Operatius plurirregionales a Espanya són els següents:
Programa Operatiu Plurirregional d'Espanya 2014-2020 (que fusiona els anteriors Programes Operatius de Creixement Sostenible i de Creixement Intel·ligent).
Programa Operatiu Iniciativa PIME.